BillionToOne о старте неинвазивного пренатального скрининга и планах использования жидкостной биопсии

BillionToOne о старте неинвазивного пренатального скрининга и планах использования жидкостной биопсии

Сеть генетических лабораторий NEW-YORK в Сан-Франциско готовится к запуску пренатального генетического скрининга, который сочетает в себе скрининг материнской крови на пять моногенных аутосомно-рецессивных заболеваний с неинвазивным пренатальным тестом (НИПТ) плода.
 157 •
  0
28.08.2019
www.shutterstock.com

Компания планирует сделать тест под названием Unity доступным для небольшого числа клиник в рамках программы в следующем месяце. В анализе используется секвенирование нового поколения и технология молекулярного подсчета, которую разработали в компании. В дальнейших планах использование жидкостной биопсии для диагностики онкологических заболеваний.

В конце марта, BillionToOne, базирующийся в Менло-Парк (Menlo Park) и основанный генеральным директором Огузхан Атая (Oguzhan Atay) и техническим директором Дэвидом Тсао (David Tsao), объявил о финансировании в 15 миллионов долларов, которое возглавили Hummingbird Ventures и NEO Tribe Ventures. Дополнительными участниками были Y Combinator, Civilization Ventures, Fifty Years, 500 Startups Istanbul и HOF Capital, которые также предоставили начальное финансирование фирме.

В Unity используется бесклеточная ДНК из одного образца материнской крови для обоих анализов. Исследование происходит методом секвенирования ампликона, а также применяется мультиплексная амплификация лигированных зондов (MLPA). Сначала определяется статус носительства женщины для муковисцидоза, спинальной мышечной атрофии, серповидноклеточной анемии, альфа-талассемии и бета-талассемии. Американский Колледж акушеров и гинекологов (American College of Obstetricians and Gynecologists) рекомендует всем женщинам проходить скрининг на носительство.

Если женщина является носителем одного из заболеваний, что случается примерно в 11 процентах случаев, автоматически выполняется НИПТ, по результатам которого определяется состояние плода.

Тсао рассуждает о выборе компании пяти заболеваний для исследования. Это необходимо потому, что в настоящее время нет неинвазивного скринингового теста, определяющего носительство родителей.

В привычном скрининге, если мать является носителем, исследуют данные отца, и только если он также является носителем, беременная женщина проходит инвазивное диагностическое исследование для того, чтобы определить состояние плода. Однако не всегда возможно получить ДНК отца, учитывая, например, что 40% беременных женщин в США являются матерями-одиночками. В других случаях отец не имеет медицинскую страховку, которая покрывает скрининг, и мужчина не проходит исследование. Это заставляет женщин волноваться на протяжении всей беременности, даже если ее ребенок, скорее всего, будет здоровым. Unity не требует отцовской ДНК для оценки риска заболевания плода.

Поскольку медицинская страховка обычно покрывает скрининг носительства у беременных женщин, тест «будет доступным для всех», - утверждает Шан Рику (Shan Riku), глава BillionToOne.

В основе Unity лежит технология молекулярного подсчета, разработанная учеными BillionToOne и описанная в BioRxiv в прошлом месяце. В данном исследовании, для которого фирма подала четыре патентные заявки, используется так называемый шаблон количественного подсчета (QCT) синтетических молекул ДНК. Количество добавленных молекул QCT может быть рассчитано по данным секвенирования, и они могут помочь определить количество молекул ДНК, полученных из определенного гена в образце.

«Мы можем преобразовать количество считанных данных в количество молекул, чтобы получить абсолютное количество ДНК», - объяснил Тсао, доктор биоинженерии из Университета Райса (Rice University).

Знание числа каждого аллеля в образце позволяет исследователям определить, поражен ли плод болезнью или нет. Например, для патогенного варианта серповидноклеточной анемии Тсао делает следующее заявление: «Если у вас есть 10-% фракция плода в материнской крови, то фракция аллеля будет 0,55 для пострадавшего ребенка. Для плода, который является только носителем, фракция аллеля составляет 0,50. Таким образом, различие между 0.55 и 0.50 заключается в том, что мы можем идентифицировать влияние на плод».

Компания планирует предоставить Unity, которая может быть выполнена с 10 недель беременности, в качестве лабораторного теста и в настоящее время создает лабораторию CLIA в Менло-Парк. Цель состоит в том, чтобы предоставить наборы тестов клиницистам, которые отправят образцы материнской крови для тестирования в компанию. Ожидаемый срок сдачи теста, который первоначально не будет доступен в Нью-Йорке, составляет около двух недель.

“Мы думаем, что нашими первыми клиентами будут практики Medicaid-heavy, потому что именно там больше всего нужно неинвазивное пренатальное тестирование, а также потому, что оно может быть возмещено для этих пациентов”, - делится Тсао.

В первоначальном клиническом исследовании, описанном в BioRxiv, испытатели в сотрудничестве с учеными Калифорнийского Университета из Сан-Франциско (University of California), Бейлорского Медицинского Колледжа (Baylor College of Medicine) и Yashoda Super Specialist Hospitals в Газиабаде, Индия, проверили способность метода обнаруживать гетерозиготный или гомозиготный вариант в гене бета-глобина (ГБД) у плода, используя образцы материнской крови. Они обнаружили, что во всех 27 проверенных случаях результаты согласуются с генотипом новорожденного ГБД.

Индия – страна, в которой высокий уровень заболеваемости бета-талассемией, поэтому она была выбрана для исследований.

Кроме того, у BillionToOne есть текущее исследование с Медицинским Колледжем Бейлора (Baylor College of Medicine), финансируемое Национальным Институтами Здоровья (National Institutes of Health). В нем исследователи используют Unity для тестирования на серповидноклеточную анемию. Поскольку эта болезнь включена в программу скрининга новорожденных в Техасе, они могут сопоставить результаты НИПТ с результатами скрининга новорожденных.

Тсао поясняет, что для определения чувствительности и специфичности Unity потребуются более крупные исследования, но они, вероятно, будут проведены после того, как тест станет коммерчески доступным.

Информации о ценах на тест еще нет, но Рику утверждает, что компания работает над программой финансовой помощи, поэтому расходы пациентов будут минимальными. По словам Тсао, ожидается, что цена списка не будет выше, чем у наименее дорогого в настоящее время доступного НИПТ для определения хромосомных анеуплоидий.

Тсао утверждает, что BillionToOne может расширить тест, если появятся профессиональные рекомендации. В следующем году компания также планирует запустить НИПТ для хромосомных анеуплоидий, который будут конкурировать со многими из существующих НИПТ для фетальных трисомий.

Кроме того, фирма изучает потенциал жидкостной биопсии для определения онкологических заболеваний. Одним из преимуществ технологии абсолютного подсчета является то, что она может снизить предел обнаружения мутаций при онкологии. «Предел обнаружения обычно выражается в процентах аллельной фракции»,- утверждает Тсао.

Еще одним преимуществом, по его словам, является способность метода подсчета обнаруживать амплификации генов или копировать варианты чисел с большей чувствительностью. «Это может быть клинически важно, например, при раке молочной железы для обнаружения амплификаций HER2», - добавляет он.

Источник: evogenlab.ru

Комментарии для сайта Cackle

Актуальное

Главное


Партнеры

Все партнеры