Учёные Национального института изучения генома человека (National Human Genome Research Institute) и их коллеги считают, что исследование фенотипических проявлений наследственных форм рака позволит уточнить этиологические факторы, а это, в свою очередь, будет способствовать совершенствованию методов лечения.
Чтобы изучить феномные ассоциации (PheWAS), ученые провели анализ генотипов и фенотипов более чем 214 000 пациентов с кодами ICD-9-CM и ICD-10-CM в медицинских картах. В ходе исследования были обнаружены новые генетические ассоциации, связанные с разными опухолевыми заболеваниями и целым рядом ранее не описанных фенотипических признаков, таких как хронический гастрит или панкреатит.
«Полученные результаты свидетельствуют о том, что метод PheWAS с набором данных EHR имеет большой потенциал для получения новых знаний о фенотипах пациентов с патогенными и вероятно патогенными вариантами в генах, связанных с наследственными опухолями», – пишет ведущий автор исследования Джошуа Денни (Joshua Denny) из Национального института изучения генома человека.
Используя данные Реестра электронных медицинских карт с результатами секвенирования генома (Electronic Medical Records and Genomics Sequencing), Британского биобанка (UK Biobank) и Реестра наследственных форм рака (Hereditary Cancer Registry), учёные проанализировали ассоциации патогенных и вероятно патогенных вариантов около 20 генов, связанных с развитием рака, с различными фенотипами. Особое внимание команды привлекли гены: BRCA1, BRCA2, PTEN, ATM, CHEK2, PALB. Во время исследований было подтверждено 38 из 38 первичных ассоциаций ген-опухоль и около 70% ассоциаций ген-фенотип, занесённых в базу данных Mendelian Inheritance in Man. Также было идентифицировано 19 новых, не описанных в OMIM, ассоциаций в 13 генах, связанных с развитием опухолей.
Обнаружены ассоциации и с нетипичными неопластическими состояниями. Например, патогенные или вероятно патогенные варианты в гене CHEK2 оказались связаны не только с лейкозами, но и с плазмоцитарными новообразованиями. Также учёные выявили, что мутации гена ATM влияют на развитие рака желудка и поджелудочной железы, а биаллельные варианты в гене MUTYH ассоциируются с раком почки.
Более того, исследователи обнаружили связи с доброкачественными образованиями. Патогенные или вероятно патогенные варианты в генах BRCA1 и BRCA2 могут влиять на развитие поликистоза яичников, мутации гена PTEN связаны с хроническим гастритом, а гена MEN1 с острым панкреатитом. Исследователи отметили, что эти ассоциации были обнаружены у людей, которые не имели наследственных форм рака. При изучении медицинских карт участников было выявлено, что некоторые из описанных состояний могут быть вызваны симптомами других заболеваний. Например, диплопия может быть связана как с патогенными мутациями гена РЕТ, так и с нейроэндокринными нарушениями. Учёные считают, что необходимо продолжить исследования, чтобы подтвердить значимость обнаруженных ассоциаций.
«Наша работа позволила выявить новые генотип-фенотипические ассоциации, связанные с патогенными вариантами в генах наследственного рака, и доказала необходимость интеграции результатов секвенирования с клиническими данными пациентов. В дальнейшем важно разнообразить популяцию участников. В проведённом исследовании больше было женщин, а представительство групп неевропейского происхождения варьировало от 6% до 21,9%. Разработка стратегий привлечения пациентов из разных этнических групп и стран с низким и средним уровнем развития позволит добиться значительных результатов в глобальном масштабе», – пишут в комментарии к статье Кайлин Янг (Kailin Yang) и Джейкоб Скотт (Jacob Scott), научные сотрудники клиники Кливленда (Cleveland Clinic).
Источник: evogenlab.ru
