В России налажена работа по расшифровке полных геномов вирусов SARS-CoV-2

В России налажена работа по расшифровке полных геномов вирусов SARS-CoV-2

Специалисты НИИ гриппа им. А. А. Смородинцева Минздрава РФ перешли к активной фазе проекта по изучению полных геномов вирусов SARS-CoV-2, генетические данные генерируются уже из многих регионов России, в международную базу данных EpiCov GISAID депонировано 713 геномов, причем более 150 - за последние дни. Технологическим партнером проекта выступила компания «Р-Фарм», сообщил ТАСС в пятницу заведующий лабораторией молекулярной вирусологии НИИ гриппа Андрей Комиссаров.
 93 •
  0
10.11.2020

Данное исследование геномов коронавируса проводится в рамках Российского консорциума по секвенированию геномов коронавирусов SARS-CoV-2, созданного летом 2020 года по инициативе НИИ гриппа. Его цель - секвенирование максимально большого количества полных геномов вирусов SARS-CoV-2 от больных COVID-19 в России. Институт выполняет роль координатора, объединяя профессионалов из различных областей науки.

«Из 36 регионов уже генерируются генетические данные и выкладываются в базу данных», - сказал Комиссаров. Ученый отметил, что сотрудничество в рамках консорциума с государственными и коммерческими партнерами, в том числе с лабораторной службой «Хеликс», позволяет получать качественные образцы из многих регионов страны, а предоставленное компанией «Р-Фарм» большое количество реагентов для секвенирования нового поколения «позволило нарастить обороты» исследований.

Задача консорциума состоит в оперативной расшифровке геномов коронавируса SARS-CoV-2 с целью мониторинга изменчивости вируса, а также своевременного анализа и депонирования генетических характеристик SARS-CoV-2 в базу данных GISAID, используемую мировым научным сообществом, в том числе ВОЗ, для разработки вакцин и противовирусных препаратов. Кроме того, в рамках работы консорциума проводятся исследования географии и динамики распространения SARS-CoV-2 в России и в мире, оценка разнообразия вирусов SARS-CoV-2 у больных COVID-19.

«Мониторинг генетической изменчивости коронавируса - это важная задача по целому ряду причин. Эти исследования позволяют расследовать вспышки и изучать распространение SARS-CoV-2 по регионам России, отслеживать изменения в поверхностных антигенах коронавируса, используемых в разработке вакцин, а также смотреть, изменяются ли те участки, на которые нацелены тест-системы», - пояснил Комиссаров.

Технологии нового поколения

«Основная работа по секвенированию будет осуществляться при помощи технологий секвенирования нового поколения (NGS) компании Illumina - мирового лидера в области расшифровки геномов. Для этих целей российская биотехнологическая компания "Р-Фарм", выступающая официальным представителем Illumina в России, безвозмездно предоставила НИИ гриппа реагенты для полногеномного секвенирования вирусов SARS-CoV-2», - сказал ТАСС руководитель направления "Генетическая диагностика" группы компаний «Р-Фарм» Андрей Фролов.

Он напомнил, что именно внедрение технологии NGS в мировую практику позволило обеспечить рекордное падение цены прочтения генома - с $2,7 млрд для первой полной расшифровки человеческого генома до менее чем $1 тыс. за геном в настоящее время. Технология NGS является универсальной для всех организмов. В России на сегодня действует целая программа развития генетических технологий в рамках нацпроекта «Наука», стимулирующая развитие генной инженерии в различных отраслях отечественной науки и практики - в микробиологии, медицине, сельском хозяйстве, промышленном производстве микроорганизмов и других.

«Метод полногеномного секвенирования, реагенты для которого переданы в НИИ гриппа, позволяет расшифровать всю последовательность ДНК с точностью 99,99%», - отметил Фролов. Это дает возможность отслеживать совсем незначительные изменения в ДНК, вплоть до точечных мутаций. Относительно человека или растений вирусы мутируют очень быстро, поэтому именно такие небольшие изменения могут быть критичными с точки зрения вирулентности. Кроме того, отслеживание таких последовательностей позволяет построить так называемые филогенетические деревья вирусов, по которым виден путь распространения штамма вируса от конкретного носителя. За счет высокой точности секвенирования можно получать достоверные результаты на относительно меньшем числе образцов. В конечном счете, метод полногеномного секвенирования позволяет решить одну из главных задач современной эпидемиологии - прогнозирование новых вспышек эпидемий и оперативного создания вакцин.

«С НИИ гриппа им. А. А.Смородинцева мы работаем достаточно давно как поставщик и как технологический партнер. Безусловно, мы это работу продолжим в будущем. Если коллегам будет нужна какая-то поддержка с нашей стороны, то она будет оказана», - подчеркнул Фролов.

Источник: nauka.tass.ru

Комментарии для сайта Cackle

Актуальное

Главное


Партнеры

Все партнеры