Секвенирование РНК более эффективно выявляет слияния генов при диагностике онкологических заболеваний у детей

Секвенирование РНК более эффективно выявляет слияния генов при диагностике онкологических заболеваний у детей

Около 20% онкологических заболеваний и метастазов развивается из-за слияния генов – хромосомных перестроек, ведущих к образованию химерных транскриптов (молекулы РНК, образующиеся в результате транскрипции ДНК). Именно поэтому для постановки точного диагноза, определения прогноза и лечения заболевания необходимо выявлять подобные слияния. К сожалению, существующие диагностические методы, такие как ОТ-ПЦР (полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией), FISH (флуоресцентная гибридизация in situ), кариотипирование и SNP-чипы (single nucleotide polymorphism, однонуклеотидный полиморфизм), зачастую не справляются с этой задачей.
 380 •
  0
10.02.2022
shutterstock.com

Новое исследование учёных центра детской онкологии Princess Máxima Center в Нидерландах показало, что секвенирование РНК может преодолеть ограничения традиционных способов диагностики. Для проверки своего метода учёные провели РНК-секвенирование 24 образцов с уже известными слияниями генов, а затем, в дополнение к стандартной диагностической процедуре, сделали проспективное РНК-секвенирование у 244 пациентов.

Полученные данные описаны в статье «Улучшенный метод выявления слияния генов для диагностики детских онкологических заболеваний с использованием РНК секвенирования», которая была опубликована в журнале JCO Precision Oncology.

«В проспективном когортном исследовании мы выявили клинически значимые вариации слияния генов в 83 образцах из 244», – отметили авторы.

Эти 224 образца, содержащие ткани пациентов с подозрением на онкологические заболевания, были собраны в центре детской онкологии Princess Máxima Center в период с конца 2018 до середины 2019 года.

Исследователи смогли обнаружить 60 слияний как с помощью обычных диагностических методов, так и благодаря секвенированию РНК, а одно слияние было определено только при использовании рутинных методов. Однако секвенирование РНК позволило выявить 24 слияния, которые не могли быть обнаружены стандартными способами. Таким образом, использование этого метода повысило диагностическую значимость на 38-39%. В отличие от большинства обычных исследовательских инструментов секвенирование РНК позволило выявить оба гена, участвующих в слиянии.

«Секвенирование РНК использовалось и раньше, но только для тяжелобольных детей и тех, кому стандартное лечение не давало результатов. В нашем исследовательском центре Princess Máxima мы внедрили секвенирование РНК в качестве стандартной диагностики. И такой подход приносит свои плоды», – сказал Бастиан Топс (Bastiaan Tops), доктор медицины, руководитель диагностической лаборатории центра детской онкологии Princess Máxima и один из руководителей исследования. «Поскольку во время диагностики изучается полный генетический ландшафт опухоли, мы можем сразу же обсудить с врачом ребёнка варианты лечения. Это означает, что мы способны предложить детям с онкологическими диагнозами все возможности последних научных достижений».

Новые слияния, которые были выявлены с помощью РНК секвенирования у двух пациентов, позволили врачам применить таргетную терапию. У одной пациентки диагноз был изменён на инфантильную фибросаркому, опухоль мягких тканей со слиянием генов NTRK, в результате она начала получать новый таргетный препарат в рамках клинического испытания. В другом случае диагноз годовалого мальчика с опухолью мозга был изменён с глиобластомы на полушарную глиому, опухоль с менее неблагоприятным исходом. Когда стандартное лечение перестало работать, ребёнку назначили таргетный препарат, благодаря которому его состояние поддерживалось на стабильном уровне ещё год.

«В этом исследовании мы показали, что при диагностике онкологических заболеваний у детей всего один тест, который анализирует всю РНК опухоли, почти в полтора раза чувствительнее к генетическим дефектам по сравнению со стандартными методами», – сказал соавтор исследования Патрик Кеммерен (Patrick Kemmeren), доктор медицины, руководитель группы и глава Big Data Core в центре детской онкологии Princess Máxima. «Моя команда проводит гораздо более широкие исследования повреждений ДНК и РНК при онкологических заболеваниях у детей. Если мы находим новые нарушения, то сразу можем дополнить диагноз и даже проверить его ретроспективно у пациентов, которые уже проходят лечение. Таким образом, новые фундаментальные открытия помогают детям с онкологическими заболеваниями».

Авторы предполагают, что в ближайшем будущем секвенирование РНК заменит существующие методы диагностики генетических нарушений, связанных с развитием онкологических заболеваний.

Источник: evogenlab.ru

Комментарии для сайта Cackle

Актуальное

Главное


Партнеры

Все партнеры