ACMG и ClinGen опубликовали рекомендации по интерпретации и отчетности CNVs

ACMG и ClinGen опубликовали рекомендации по интерпретации и отчетности CNVs

Американская коллегия медицинской генетики и геномики (The American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG)) и Клинический Геномный Ресурс (Clinical Genome Resource (ClinGen)) выпустили новые общие рекомендации, которые помогут последовательно проводить оценку вариаций числа копий генов(CNVs) в клинических лабораториях.
 351 •
  0
10.12.2019
www.shutterstock.com

В рекомендации, которые были недавно опубликованы в журнале Genetics in Medicine, внесены обновления существующих стандартов клинической лабораторной практики ACMG для оценки CNVs. Исследователи из объединенной рабочей группы рекомендуют использовать анализ числа копий в качестве основного подхода для оценки лиц с нарушениями нервно-психического развития, такими как умственная отсталость, задержка развития и расстройства аутистического спектра, а также для лиц с множественными врожденными аномалиями и при выявлении аномалий плода ультразвуковым методом.

«Мы надеемся, что общепринятые актуальные стандарты являются достаточно гибкими, что есть возможность применить современные, постоянно развивающиеся знания клинической геномики, и это поможет уменьшить диссонанс в клинических классификациях и улучшит качество медицинской помощи», - рассказывает Криста Лезе Мартин (Christa Lese Martin), исследователь Института аутизма и медицины развития (Autism & Developmental Medicine Institute) и главный автор статьи.

Работа представляет собой обновление предыдущих рекомендаций, опубликованных в 2011 году под названием «Стандарты и методические рекомендации Американской коллегии медицинской генетики для интерпретации и представления информации о постнатальной общей вариации числа копий генов», и призвана дополнить документ 2015 года, озаглавленный «Стандарты и Методические рекомендации интерпретации вариантов последовательности: совместная консенсусная рекомендация Американской Коллегии медицинской генетики и геномики и Ассоциации молекулярной патологии».

Сейчас исследователи советуют использовать в лабораториях прежнюю пятиуровневую систему, используемую в классификации вариантов последовательности: патогенная, вероятная патогенная, неопределенная значимость, вероятная непатогенная и непатогенная. По мнению ученых, это позволило бы изменить былые стандарты, которые рекомендовали использовать «вероятные патогенные» и «вероятные непатогенные» в качестве подкатегорий под «неопределенной значимостью».

Они также призвали лаборатории разделить классификацию от клинической значимости для пациента, отметив, что фенотип пациента может быть важным доказательством для рассмотрения при определении классификации, но что он не должен переопределять или опровергать другие доказательства патогенности варианта.

Кроме того, рабочая группа разработала балльную систему оценки для систематического руководства лабораториями по классификации плюсов и минусов от числа копий. В этой системе оценок различные типы доказательств, рассматриваемые при оценке CNVs, получают баллы на основе их относительной силы — доказательства патогенности получают положительные балльные значения, а доказательства непатогенности - отрицательные балльные значения. Сумма баллов будет указывать на принадлежность к определенной категории согласно классификации.

«Эти показатели служат руководством для обеспечения большего понимания структуры и ясности оценки CNV», - говорится в заявлении Эрин Руни Риггс (Erin Rooney Riggs), исследователя Института аутизма и медицины развития и главного автора статьи. «Мы разработали этот тип количественных измерений для других типов курации в ClinGen, которые успешно используются для улучшения согласованности в интерпретации данных».

Авторы также отметили, что никакая единая формула или алгоритм интерпретации CNV не заменит адекватной подготовки в области генетики и хорошего клинического опыта. Они рекомендуют, чтобы клинические отчеты о конституциональных CNV выполнялись лицами с соответствующей подготовкой и сертификацией, предпочтительно в лабораториях, которые включают как цитогенетическую, так и молекулярно-генетическую экспертизу.

«Систематические подходы к вариантной интерпретации, какую мы представляем, будут развиваться с течением времени, особенно по мере углубления знаний о взаимосвязи между генетическими вариантами и здоровьем человека», - заключили авторы. «Группам рекомендуется использовать эту структуру в качестве руководства, всегда используя профессиональное суждение при принятии решения о включении новых знаний, методов и ресурсов и документируя процесс, с помощью которого эти доказательства используются для получения вариантов классификации».

Источник: evogenlab.ru


Консультанты:
Комментарии для сайта Cackle

Актуальное

Главное


Партнеры

Все партнеры