Американские ученые разработали новый эффективный метод секвенирования эпигенетических модификаций

В школе медицины Университета Пенсильвании (University of Pennsylvania’s School of Medicine) исследователи разработали новый метод секвенирования химических групп, присоединенных к поверхности ДНК.  Эти химические группы являются вариантами оснований ДНК, которые передают важную информацию, связанную с закономерностью экспрессии генов. Эти варианты изучались в течение последних двух десятилетий, и в настоящее время известно, что они связаны с развитием различных заболеваний, в том числе онкологических, поэтому их выявление перспективно для диагностики и прогноза заболеваний.

Традиционным методом расшифровки эпигенетического кода является использование бисульфита, поскольку у него хорошая селективная химическая реакционная способность, однако использование бисульфита имеет ограниченные возможности. Одна из главных проблем при использовании этого метода заключается в том, что бисульфит может разрушить большую часть образца во время экспериментов. Это делает исследование специфических типов клеток или редких клеточных популяций более сложным процессом. Чтобы решить этот вопрос группа исследователей Университета Пенсильвании (University of Pennsylvania) предложила метод, в котором используют класс ферментов иммунной защиты, называемых APOBEC DNA дезаминазы (ДНК фермент для редактирования мРНК аполипопротеина В). Ферменты дезаминазы позволяют  достигнуть такого же результата, как с использованием бисульфита, но без разрушения образца. В  статье, опубликованной в Nature Biotechnology, команда подробно описала свой метод. Исследователи продемонстрировали, что для определения эпигенетического кода одного типа нейрона им требуется образец ДНК в 1000 раз меньше, чем в методах на основе бисульфита.

Команда надеется, что новый метод предоставит возможности для изучения эпигенетического кода ДНК в малых и редких популяциях клеток, и в дальнейшем позволит  понять механизмы развития болезни с их участием. “Этот технологический прогресс прокладывает путь к пониманию сложных биологических процессов, таких как развитие нервной системы или развитие опухоли”, - говорит автор исследования, доктор  Хао Ву (Hao Wu, Ph.D.)

В перспективе необходимо разрабатывать другие программы, включающие APOBEC для дальнейшего улучшения возможностей идентификации.

Перевод Анны Лобачевой (РМАНПО).