Новый вычислительный инструмент упрощает идентификацию генов

Новый вычислительный инструмент упрощает идентификацию генов

Обнаружение генов, вовлеченных в развитие определенных заболеваний, сложный и медленный процесс. Команда, возглавляемая учеными из Медицинского колледжа Бейлора (Baylor College of Medicine) разработала новый инструмент, который выявляет кандидатов на потенциально значимые гены с большей чувствительностью и точностью, чем существующие на сегодняшний день методы. Новый аналитический веб-инструмент также более быстрый и удобный в использовании и не требует специальных знаний в сфере биоинформатики. Результаты исследования опубликованы в журнале Genome Research.
 129 •
  0
07.05.2019

«Этот проект вырос из коллаборации с лабораторией доктора Худа Зогби (Dr. Huda Zoghbi), которая занимается изучением неврологических заболеваний. Одна из целей этой лаборатории - определение генов-модификаторов, на которые можно воздействовать лекарственными препаратами», - поясняет один из авторов статьи, доктор Чжандун Лю (Dr. Zhandong Liu), директор Центра биоинформатики в Институте неврологии им. Яна и Дана Дункана в детской больнице Техаса (Jan and Dan Duncan Neurological Research Institute, Texas Children's Hospital).

Гены-модификаторы - это гены, не имеющие собственного выражения в фенотипе, но оказывающие усиливающее или ослабляющее влияние на экспрессию других генов. Таким образом, можно попытаться вылечить заболевание, не воздействуя таргетно на ген, который его вызывает, а с помощью генов-модификаторов, которые могут снизить влияние негативных эффектов гена, вызывающего заболевание.

Для выявления кандидатов в гены-модификаторы лаборатория Зогби использует технологию CRISPR для скрининга всего генома.

«Хотя сегодня существует несколько доступных нам вычислительных методов, для более точного анализа данных скрининга CRISPR важно использовать аналитические инструменты, которые максимально точно моделируют естественные характеристики данных. На наш взгляд, доступные вычислительные инструменты не удовлетворяют этим критериям», - говорит Чжандун Лю.

«Результаты CRISPR обычно отличаются большой вариабельностью, что усложняет интерпретацию данных», - поясняет доктор Хён-Хван Чжон (Dr. Hyun-Hwan Jeong), сотрудник лаборатории Лю. «Мы разработали новый метод, который учитывает изменчивость данных скрининга CRISPR; он может лучше фиксировать как большие, так и малые вариации данных. По сравнению с восемью наиболее часто используемыми методами наш веб-инструмент более чувствителен и точен, а также он быстрее и более удобен для пользователя».

Новый вычислительный инструмент, использующий бета-биномиальное моделирование, позволяет ученым достовернее оценить статистическую значимость каждого гена, который они изучают. Инструмент также позволяет генерировать список генов, которые, могут являться мишенями-кандидатами для терапии, включая как можно больше генов-кандидатов, но сводя к минимуму ложноположительные результаты.

Источник: genome.cshlp.org

Авторы:
Консультанты:

Актуальное

Главное


Партнеры

Все партнеры